Tarih, doğa ve kültürün bütünleştiği Niksar; Hitit, Pers, Pontus, Roma, Bizans, Danişmend, Selçuklu, Beylikler ve Osmanlı dönemlerinde toplumların ilgi odağı olması yanısıra coğrafi ve jeopolitik konumu, iklimi ve verimli toprakları ile Anadolu’nun ender yerleşim merkezlerinden biridir.
Pers İmparatorluğu’nun sona bulmasından sonra kurulan Pontus Krallığı döneminde Caberia adıyla anılan Niksar; doğal zenginliği, verimli toprağı ve ürünlerinin bolluğuyla dikkat çekmiştir. Kent, Romalılar döneminde Diospolis, Sebaste ve Neocaeserea gibi isimlerle anılmıştır. Bugün kullanılan Niksar adının, Neocaeserea’dan dönüştürüldüğü görüşü ileri sürülmektedir. Roma İmparatorluğu’nun M.S. 395 yılında ikiye ayrılmasıyla Niksar, Bizans egemenliğine girmiştir. M.S. 10. yy.da Türklerin Anadolu’ya yaptıkları akınlarda 1067 yılında Alparslan’ın komutanlarından Afşin Bey tarafından fethedilmiş, ancak 1068 yılında tekrar Bizans’ın eline geçmiştir. Malazgirt Savaşı sonrasında ise Artuk Bey tarafından fethedilen Niksar, 1073’te tekrar Bizanslıların olmuştur.
Niksar’ın asıl fatihi Danişmendli Devleti’nin kurucusu olan Melik Danişmend Gümüştekin Ahmet Gazi olmuştur. Danişmend Gazi fetihten sonra Niksar’ı sahil Rumlarına karşı mücadelede kendisine hem bir üs hem de bu devletin başkenti olarak seçmiştir. Bu dönemde Niksar ilim ve kültür merkezi haline gelmiştir.
1175’te II. Kılıçaslan zamanında Selçuklu topraklarına katılan Niksar, Moğol istilası ile 1341’de önce Eretna Devleti’nin daha sonra da Tacettinoğulları Beyliği’nin hâkimiyetine girmiş ve bu beyliğin merkezi olmuştur.
1387 yılında Niksar’ı ele geçiren Kadı Burhaneddin’in bir savaşta öldürülmesi üzerine bölge halkı Yıldırım Beyazıt’tan yardım istemiş ve Yıldırım Beyazıt’ın oğul Süleyman Çelebi 1398’de Niksar’ı Osmanlı topraklarına katmıştır.
Fatih Sultan Mehmet’in Trabzon seferi, Yavuz ve Kanuni’nin doğu seferleri sırasında uğradıkları tarihi şehir, Osmanlıların son yıllarında Tokat Sancağı’na bağlı bir kaza merkezi olarak varlığını sürdürdü.
Tarihi geçmişinin simgesi olarak Roma, Bizans, Selçuklu, Danişmendli ve Osmanlı Devleti’nden kalma pek çok eser hala şehrin tabii bir parçası olarak ayaktadır. İstiklal Savaşı sırasında Rum ve Ermeni çetelerinin baskılarıyla karşılaşan Niksar, diğer taraftan memleketimizi işgal eden düşmanlara karşı, 16 Haziran 1919’da İzmir’in işgal edilmesi üzerine işgali protesto etmek amacıyla Anadolu’daki ilk mitinglerden birini gerçekleştirerek Cumhuriyetten bugüne kadar varlığını sürdürmektedir.